綠寶石802，自從1.0正式版問世以來，還陸陸續續的更新了許多版本，可以看出改版組非常用心地修復各種BUG與加入新的元素。但可能也導致玩家們會搞混，或者是遊玩者之間不斷出現「為什麼你有MEGA手環，我找不到？」或是「為什麼我的岩狗狗無法進化成黃昏型態？」等等的問題，在此呼籲大家有新版就趕快更新吧～
而以下就是阿痞君自己整理出來的各版本「主要差異」，供各位參考，也可以看看自己玩的到底是哪一個版本，目前「已公開」的版本有：1.0、2.0、皮卡丘輪迴進化版、2.6、3.0（究極綠寶石）。
1.0：
第一個公開版本，也稱作正式版，BUG頗多，這版沒有MEGA手鐲，要用金手指取得，也拿不到特殊地點的船票，伊布無法進化成仙伊布反而會錯誤進化成凱爾迪奧，無法遺傳技能，這版抓得到瑪納霏，這版沒有黃昏鬃岩狼人。
2.0：
修復了許多重大BUG，如錯誤進化，船票問題，遺傳技能，也有更改一些精靈的進化方式（如大鋼蛇、巨鉗螳螂、烏賊王），這版開始有MEGA手鐲（在118號路），加入很多新形態精靈（這版開始有黃昏鬃岩狼人），這版開始有些人會抓不到瑪納霏。
皮卡丘輪迴進化版（網友的個人修改版）：
修改自2.0版，這版本在小光帶主角去抓精靈時會死機（可以串檔解決），皮卡丘可以通過不斷升級進化成各世代皮神，到卡洛斯皮神用太陽石會進化成阿羅拉皮神，繼續進化還會變成換裝皮卡丘……另外這版本某些精靈會特別強，因為修改者自己喜歡所以改強了。
2.6：
目前百度已公開版本之中的最新版，改了一些精靈分布（御三家遇到機率變很低），修復了美洛耶塔使用古老之歌會卡死的問題，修復了哈力栗很難抓的問題，修改了大部分訓練師的精靈，四大天王改為90級，換掉了男女主角的圖，BUG整體來講少了很多，但瑪納霏BUG還沒修復，個體值無法遺傳的問題也還沒修復。
以上所有版本好像都有發電廠開關不能關的BUG，但也有些人可以關，聽說從頭到尾沒開過金手指的玩家有比較大的機率是可以關的（在此呼籲大家老金少開點XDD），但沒關也沒差，因為不影響主線劇情，而且獎品十萬伏特可以在百貨大樓買到。
3.0：較為正式的一個版本，又名為《究極綠寶石》，最大特點是新增了Z技能系統以及霸主的戰鬥，第二大特點是大師球失效Orz，但大師球不是BUG，而是防作弊設置，另一個防作弊設置是使用滿努力值金手指後努力值會歸零，但也新增了可以練努力值的「怪島」；訓練師的精靈大幅更改，地圖小幅改動，部分神獸地點改動，四天王與開拓區大幅增強，男女主行走圖、正面圖、戰鬥圖都完成了；修復了許多BUG：遺傳系統修復得更加完善、瑪納霏可以抓到了，發電廠開關可以關了（別開穿牆），二周目後有些神獸可以在抓一次的良性bug也修復了（因此時空雙神無法再回來抓另一隻）；而多來的BUG有：與草霸主對戰過後背包會鎖死、向任何霸主丟過球或戰敗後從此抓不到精靈、對戰帳篷對戰後背包可能清空、阿爾宙斯只能用重量球抓到、未知圖騰抓不到。
以上僅為阿痞君個人的整理，列出來的都是一些比較重要的差異，各版本之間應該還有一些細節的修改，相信只有改版組最清楚，也歡迎網友們補充……